マイページと経審大臣®シリーズソフトとの操作上の主な相違点は以下の通りです。
入力・編集したデータを保存するには、必ずボタンクリックが必要になります。 ［上書き保存］又は［更新・保存］等のボタンクリックが必要です。 ［更新・保存］ボタンが複数表示される場合がありますが、どのボタンをクリックしても同じです。
プレビュー後は、ブラウザの［戻る］ボタンをクリックして下さい。
日付は、全て西暦で入力します。 プレビュー・PDF作成時には、和暦で印刷されます。
マイナス金額を表す「△」はプレビュー・PDF作成時のみ使用します。 金額入力欄では、「－」を入力・表示します。
マイページ上の「基礎情報」画面では、会社名フリガナ、住所フリガナ、代表者名フリガナは全角カタカナで登録します。 経審大臣®シリーズソフトでは、半角カタカナで登録していました。 「KCXインポート／KCXエクスポート」機能を使用してデータ交換する場合には、自動的に変換されます。
「財務諸表－その他」画面は、「減価償却実施額」入力画面に変更になりました。 また、増減額の表示がなくなり、［増減額再計算］ボタンもなくなりました（常に自動計算されます）。
財務諸表が旧様式だった場合や、金額不一致がある場合の警告メッセージは、入力・編集画面の上部に表示されます。 経審大臣®シリーズソフトでは、プレビュー・印刷・PDF作成時や、編集画面を閉じるときに警告メッセージを表示していました。
マイページ上の財務諸表・申請書等の入力・編集画面では、フォント設定はありません。 株主資本等変動計算書の金額欄など、横幅が狭くて入りきらない場合には、自動的にフォントサイズが小さくなります。